Vodní ekosystémy a ochrana biodiverzity

• Výzkum antropogenních vlivů a jejich působení na vodní ekosystémy, biologické složky a stav vod,
• vývoj monitorovacích postupů pro identifikaci působení antropogenních vlivů na vodní ekosystémy a biodiverzitu,
• vývoj metodických postupů pro hodnocení stavu biologických složek vodních ekosystémů a chráněných území vázaných na vodu,
• studium funkce dřevní hmoty v říčních ekosystémech a její využitelnosti pro revitalizace a přírodě blízké úpravy vodních toků,
• návrhy a vyhodnocení monitoringu různých typů vodních ekosystémů a jejich biologických složek,
• výzkum nepůvodních a invazních druhů ve vodních ekosystémech (detekce, transportní vektory, šíření, ekologické a ekonomické důsledky invazí, managementová a eradikační opatření),
• mapování výskytu evropsky významných druhů vodních živočichů a rostlin (Natura 2000) a zpracování návrhů pro ochranu jejich biotopů,
• studium migračního chování a stanovení migrační úspěšnosti/potenciálu ryb,
• výzkum environmentálních rizik spojených s provozem vodních elektráren,
• vývoj automatických monitorovacích systémů migrací ryb a dalších vodních živočichů,
• návrhy a vyhodnocování managementových opatření a plánů péče pro zvláště chráněná území (ZCHÚ) včetně evropsky významných lokalit (EVL) vázaných na vodu,
• návrhy a vyhodnocování záchranných programů ohrožených druhů vázaných na vodu.